擅自在林地上建房，除了面临土地部门的行政处罚外，还可能存在以下法律风险点：
1. 经济损失风险：违法建筑被拆除后，建房投入的资金（如建材、人工等）将全部损失，且无法获得任何补偿。例如，某村民未经批准在自家承包的林地上修建了一栋价值20万元的房屋，土地部门责令限期拆除，该村民不仅房屋被拆，20万元的投入也付诸东流，还需承担拆除费用。
2. 刑事责任风险：如果建房行为造成林地大量毁坏（如毁坏林木数量较大或破坏林地植被面积较大），可能触犯《刑法》第三百四十二条“非法占用农用地罪”。例如，某企业为扩建厂房，擅自占用林地5亩，并砍伐了林地上的树木，其行为不仅违反《土地管理法》，还因造成林地大量毁坏而构成非法占用农用地罪，企业负责人被追究刑事责任。
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针对您提出的擅自在林地上建房土地部门处理疑问，首先需要明确的是：擅自在林地上建房通常属于违法行为，土地部门有权依法进行处理。

以下分不同情况详细说明：
1. 如果未办理任何审批手续：在林地上建房，未取得林地使用审批文件和建设用地审批手续（如《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》等），土地部门会直接认定为违法建设，可能作出责令限期拆除、恢复原状、并处罚款的决定。
2. 如果仅办理了部分审批手续：例如，仅获得了林地使用权但未办理建设用地转用审批，或仅办理了规划许可但未通过林地用途变更审批，土地部门会认定审批手续不全，要求限期补办相关手续，若逾期未能补办，则仍可能按违法建设处理。
3. 如果对林地生态造成严重破坏：除了拆除和罚款外，土地部门还可能将案件移送林业主管部门，依据《森林法》追究破坏林地的法律责任，情节严重的可能涉及刑事犯罪。
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关于擅自在林地上建房的行为，其违法性可以从《中华人民共和国土地管理法》中找到明确的法律依据。
《中华人民共和国土地管理法》第四十四条规定：“建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。” 林地属于农用地的一种，擅自在林地上建房，本质上是将林地（农用地）转为建设用地。根据该条规定，无论何种情形，只要涉及农用地转为建设用地，都必须办理转用审批手续。

具体到您的问题，如果未办理农用地转用审批手续，直接在林地上建房，就违反了上述法律规定。土地部门据此有权认定该建设行为违法，并根据《土地管理法》第七十七条等规定，采取责令退还土地、限期拆除地上建筑物、恢复土地原状，并处以罚款等措施。即使是在土地利用总体规划确定的建设用地规模范围内，也需按批次或具体项目获得批准，未经批准即为违法。
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在处理擅自在林地上建房土地部门处理的问题时，存在一些特殊情况或例外情形，这些情形会对处理结果产生不同影响：
1. 已获得部分合法审批但手续不全：如果建房者已经向相关部门提交了林地转用或建设审批申请，且审批程序正在进行中（如已受理但尚未获批），土地部门在处理时可能会考虑这一情况，给予一定的缓冲期，要求其在限期内完成审批手续，而不是直接作出拆除决定。但若最终审批未通过，仍需按违法建设处理。
2. 因公共利益或紧急避险需要临时使用林地：根据《森林法》等相关规定，因抢险救灾、疫情防控等紧急需要，可以临时使用林地，事后再补办审批手续。如果建房是出于此类特殊且紧急的公共利益目的，并在事后及时补办了手续，土地部门可能会认可其合法性，或减轻处罚。但若并非真正的紧急公共利益需求，而是以此为借口，则仍将被认定为违法。
3. 历史遗留问题或政策调整导致的手续缺失：对于一些年代久远的、在当时政策不明确或管理不规范情况下建设的房屋，若符合现在的土地利用总体规划和生态保护要求，土地部门可能会通过补办手续、缴纳罚款等方式使其合法化，而不是简单拆除。但这种情况需要严格的证据证明和政策依据，并非所有历史建筑都能适用。

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