判断“迟到一分钟扣2元是否合法”，需考虑特殊情况或例外情形对结果的影响：
1、员工因不可抗力或紧急情况迟到。如因突发地震、严重交通事故等不可抗力，或突发疾病送医、家庭成员重大疾病等紧急情况导致迟到一分钟，且能提供证明，公司不能仅据此扣罚2元。因员工主观无过错，属非本人原因迟到，公司应酌情处理，扣罚可能被认定不合理，员工有权要求不扣或少扣工资。
2、公司未提供合理考勤缓冲时间。部分公司考勤严格，未给员工合理缓冲时间，如要求必须在上班铃响瞬间打卡，否则即算迟到。若员工仅因几秒钟或一分钟（如打卡机与标准时间误差、电梯短暂等待等合理情况）被判定迟到并扣2元，可能被视为考勤管理严苛，有违公平合理原则。此时，即使有制度规定，扣罚合法性也可能受质疑，仲裁委或法院可能倾向保护员工权益，认定扣罚不当。
3、扣罚与实际经济损失脱节。若“迟到一分钟扣2元”是公司为加强管理设置的惩罚性条款，而非基于员工实际经济损失，该扣罚可能因缺乏合理性而无效。例如，员工迟到一分钟未影响工作进度、未造成任何损失，公司却以此扣罚工资，不符合《工资支付暂行规定》中赔偿经济损失的适用条件，扣罚行为不合法。
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“迟到一分钟扣2元”可能存在法律风险，以下为您具体分析：
1、规章制度不合法导致扣罚无效的风险。公司关于“迟到一分钟扣2元”的规定，若未经过民主程序（如未召开职工代表大会或全体职工会议讨论、与工会或职工代表协商确定），或制定后未向员工公示、告知，该制度本身不具法律效力。例如，某公司入职后未出示迟到扣罚制度，发工资时直接扣除，员工仲裁后，仲裁委以制度未公示为由裁决公司返还。此时，公司不仅要返还款项，还可能影响员工信任度。
2、扣罚金额超限侵犯员工工资权益的风险。即使制度合法，若每月因“迟到一分钟扣2元”累计扣罚超员工当月工资20%，或扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，就违反《工资支付暂行规定》第十六条。比如，员工月工资5000元，当月被扣1200元（超5000元的20%即1000元），超200元属违法，员工有权要求返还。公司可能面临劳动行政部门处罚和员工索赔。
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针对“迟到一分钟扣2元是否合法”，可从《中华人民共和国劳动合同法》和《工资支付暂行规定》中找到法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定，用人单位应依法建立完善劳动规章制度，保障劳动者权利、履行义务。制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度（如劳动报酬、工作时间）时，需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并应公示或告知劳动者。若公司针对迟到一分钟扣2元的规定未履行上述民主程序和公示告知义务，制度本身不合法，以此扣罚工资自然也不合法。
《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超当月工资20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若员工迟到一分钟未造成损失，公司直接扣2元无法律依据；即使造成损失，扣罚也需满足上述比例和最低工资限制，否则同样不合法。
综上，“迟到一分钟扣2元”合法与否，关键看规章制度是否合法，以及扣罚是否符合工资支付规定的限制条件。
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“迟到一分钟扣2元”是否合法，需结合具体情况判断：
若公司规章制度明确规定迟到一分钟扣2元，且该制度经民主程序制定、已向员工公示或告知，同时扣除后员工当月剩余工资不低于当地最低工资标准，每月扣除总额不超当月工资20%，则这种扣罚在一定条件下可能合法。
若公司无相关制度，或制度未民主程序制定、未公示告知员工，即使劳动合同有约定，扣罚也可能因缺乏合法依据而无效。
若扣除金额导致员工当月剩余工资低于当地最低工资标准，或每月累计扣除超当月工资20%，则扣罚因违反法律强制性规定而不合法。

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